Так с картой у одного меня глюки что-ли? 

просто поиграйтесь с различиными отображениями карты а меню вызываемым правой клавишей мыши. Когда получсите нужный рузультат, там-же уберите галочку автоматик лэйот и донастройте ручками карту, потом сохраните и будет вам счастье.

1. Не знаю, баг ли это, но всё же спрошу - на сервере процесс prunsrv выедает 90-100 процентов процессорного времени, когда на WEB-консоли открыта карта.
2. Карта. Разноообразные глюки:
   2.1. При добавлении в management и WEB-консолях нового объекта все ранее помещённые объекты сбиваются в одну кучу, надо их опять растягивать по своим местам.
   2.2. При добавлении линка между двумя объектами: в MC - они разлетаются "на километр" друг от друга, карта сразу становится в 100 раз больше, в WC - разлетаются не так далеко, но через секунду в браузере вместо консоли получаю Error Page.
   2.3. В WC - расставляешь ноды как хочешь, потом обновляешь экран - и все ноды опять расположены по кругу с центром посредине карты.
   2.4. Не знаю, баг ли это, но карта в MC и WC не синхронизируются - в WC почти всё время ноды по кругу.

netxmsd: sh se
CLIENT SESSIONS
============================================================
ID  STATE                    CIPHER  CLTYPE  USER [CLIENT]
0  idle                    AES-128  DESKTOP sky@192.168.100.208 [nxmc/1.2.5 (Windows XP 5.1; libnxcl 1.2.5)]
1  idle                    AES-128  DESKTOP sky@192.168.100.180 [nxmc/1.2.5 (Windows XP 5.1; libnxcl 1.2.5)]
2  idle                    AES-128  DESKTOP sky@192.168.100.201 [nxmc/1.2.5 (Windows XP 5.1; libnxcl 1.2.5)]
3  idle                    AES-128  DESKTOP bal@192.168.100.252 [nxmc/1.2.5 (Windows 7 6.1; libnxcl 1.2.5)]
4  CMD_GET_OBJECTS          AES-128  DESKTOP sky@192.168.100.231 [nxmc/1.2.5 (Windows XP 5.1; libnxcl 1.2.5)]

5 active sessions

MOBILE DEVICE SESSIONS
============================================================
ID  STATE                    CIPHER  USER [CLIENT]

0 active sessions

первые три сессии зависшие. соединение с сервер идет через l2tp и когда рвется сессия l2tp то и теряется коннект с сервером, однако сессии как видно остаются.

[16-Jan-2013 16:17:30.586] Log file opened
[16-Jan-2013 16:17:30.586] Additional configs was loaded from /etc/nxagentd.conf.d
[16-Jan-2013 16:17:30.586] Debug level set to 0
[16-Jan-2013 16:17:30.586] Failed to load agent's registry from file /var/opt/netxms/agent/registry.dat
[16-Jan-2013 16:17:30.587] Failed to save agent's registry to file /var/opt/netxms/agent/registry.dat: No such file or directory
[16-Jan-2013 16:17:30.588] Subagent "/usr/local/lib/libnsm_freebsd.so" loaded successfully
[16-Jan-2013 16:17:31.597] Listening on socket 0.0.0.0:4700
[16-Jan-2013 16:17:32.606] NetXMS Agent started
[16-Jan-2013 16:17:44.686] NetXMS Agent stopped

ОС та же.

решение пока такое нашел

mkdir -p /var/db/netxms/agent
chown -R netxms:netxms /var/db/netxms
mkdir -p /var/opt/
ln -s /var/db/netxms/ /var/opt/

Проблема в стартовом скрипте , не запускается от пользователя netxms

14 192.168.40.10/24 6 000C294B187D
11 192.168.100.252/24 6 000C294B1873

nxget -l <windows_server_address> Net.InterfaceList

?

./configure --with-pgsql --with-server --with-snmp --with-agent

В качестве БД Postgresql 9.1.
Проблема в том что при добавлении Сетевых интерфейсов с Windows, не полностью прописывается на звание подключения, оно обрезается.
В логе таки вот сообщения.

[16-Jan-2013 19:17:25.227] SQL query failed (Query = "INSERT INTO object_properties (object_id,name,status,is_deleted,inherit_access_rights,last_modified,status_calc_alg,status_prop_alg,status_fixed_val,status_shift,status_translation,status_single_threshold,status_thresholds,comments,is_system,location_type,latitude,longitude,guid,image,submap_id) VALUES (296,'Подключение по Χ,0,0,1,1358352673,0,0,1,0,'01020304',75,'503C2814','',0,0,'0.000000','0.000000','0788ca4d-a7d3-4651-b36d-1c2783e72060','00000000-0000-0000-0000-000000000000',0)"): ERROR:  unterminated quoted string at or near "'Подключение по "
LINE 1: ...itude,longitude,guid,image,submap_id) VALUES (296,'Подключен...
                                                             ^
[16-Jan-2013 19:17:25.228] SQL query failed (Query = "INSERT INTO object_properties (object_id,name,status,is_deleted,inherit_access_rights,last_modified,status_calc_alg,status_prop_alg,status_fixed_val,status_shift,status_translation,status_single_threshold,status_thresholds,comments,is_system,location_type,latitude,longitude,guid,image,submap_id) VALUES (297,'Подключение по лΧ,0,0,1,1358352770,0,0,1,0,'01020304',75,'503C2814','',0,0,'0.000000','0.000000','93e78d79-4630-40ae-ba3c-563cd7be5f43','00000000-0000-0000-0000-000000000000',0)"): ERROR:  unterminated quoted string at or near "'Подключение по л"
LINE 1: ...itude,longitude,guid,image,submap_id) VALUES (297,'Подключен...
                                                             ^
[16-Jan-2013 19:17:25.229] SQL query failed (Query = "INSERT INTO object_properties (object_id,name,status,is_deleted,inherit_access_rights,last_modified,status_calc_alg,status_prop_alg,status_fixed_val,status_shift,status_translation,status_single_threshold,status_thresholds,comments,is_system,location_type,latitude,longitude,guid,image,submap_id) VALUES (298,'Подключение по Χ,0,0,1,1358352770,0,0,1,0,'01020304',75,'503C2814','',0,0,'0.000000','0.000000','531f3acc-cfbf-4914-bfed-8d46400f3452','00000000-0000-0000-0000-000000000000',0)"): ERROR:  unterminated quoted string at or near "'Подключение по "
LINE 1: ...itude,longitude,guid,image,submap_id) VALUES (298,'Подключен...
                                                             ^