Собиралась из исходников:
./configure --prefix=/opt/netxms --with-agent --with-server --with-pgsql

При запуске в консоле:
./netxmsd -c /opt/etc/netxms/netxmsd.conf
Процесс стартует и тихо себе живет, минимально потребляя CPU

Так же тихо живет при запуске как демон:
./netxmsd -d -c /opt/etc/netxms/netxmsd.conf
Процессор не кушает

При запуске из-под runit (http://smarden.org/runit/) процесс съедает ровно одно ядро на 100%. В runit запускается так:

% cat /services/netxms-server/run
#!/bin/sh
exec 2>&1

command="/opt/netxms/bin/netxmsd"
command_args="-c /opt/etc/netxms/netxmsd.conf"

/usr/local/sbin/chpst -u netxms  ${command} ${command_args}

В какую сторону нужно копать?

PS: в консоли ест мало процессора, как при запуске от root так и от пользователя netxms, при запуске из runit - независимо от пользователя съедает ровно одно ядро