Проблема висит довольно таки давно, проверял на версии 1.2.11 вплоть до 2.0-M3. Если обновлять агентов через management console Package Manager, раз на раз некоторые компы не обновляются. Вот что пишет лог:

Communication session broken: A request to send or receive data was disallowed because the socket had already been shut down in that direction with a previous shutdown call.

Source: NetXMS Win32 Agent
Event ID: 14
Level: Warning

-------
WINPERF: Collector thread for counter set A terminated

Source: NetXMS Win32 Agent
Event ID: 23
Level: Information
-------
WINPERF: Collector thread for counter set B terminated

Source: NetXMS Win32 Agent
Event ID: 23
Level: Information
-------
WINPERF: Collector thread for counter set C terminated

Source: NetXMS Win32 Agent
Event ID: 23
Level: Information
-------
NetXMS Agent stopped

Source: NetXMS Win32 Agent
Event ID: 2
Level: Information

Тоесть агент начинает обновляться, что то происходит, и сервис NetXMS Agent выключается, нужно вручную его поднимать, и остаётся старая версия.
Симптомы одинаковые как на Windows XP так и на Windows 7 64bit