а сделайте:

cd /usr/include
grep -r AF_INET6 *

что выдаст?

Готово.

grep -r AF_INET6 *

altq/altq.h:    u_char          fi6_family;     /* AF_INET6 */
altq/altq.h: * flow filters for AF_INET and AF_INET6
lwres/net.h:#ifndef AF_INET6
lwres/net.h:#define AF_INET6 99
lwres/net.h:#define PF_INET6 AF_INET6
netinet/in_pcb.h: * PCB with AF_INET6 null bind'ed laddr can receive AF_INET input packet.
netinet/in_pcb.h: * So, AF_INET6 null laddr is also used as AF_INET null laddr, by utilizing
netinet/in_pcb.h:#define        IN6P_IPV6_V6ONLY        0x00008000 /* restrict AF_INET6 socket for v6 */
netinet/sctputil.h:      if ((addr->sin6_family == AF_INET6) && \
netinet/icmp6.h:                ((struct in6_ifextra *)((ifp)->if_afdata[AF_INET6]))->icmp6_ifstat->tag++; \
netinet6/nd6.h: (((struct in6_ifextra *)(ifp)->if_afdata[AF_INET6])->nd_ifinfo)
netinet6/in6_var.h:#define      LLTABLE6(ifp)   (((struct in6_ifextra *)(ifp)->if_afdata[AF_INET6])->lltable)
netinet6/in6_var.h:             ((struct in6_ifextra *)((ifp)->if_afdata[AF_INET6]))->in6_ifstat->tag++; \
netinet6/in6_var.h:             if (ifma->ifma_addr->sa_family == AF_INET6) {
netinet6/in6.h: sa_family_t     sin6_family;    /* AF_INET6 */
netinet6/in6.h:#define IPV6_V6ONLY              27 /* bool; make AF_INET6 sockets v6 only */
netinet6/mld6_var.h:    (((struct in6_ifextra *)(ifp)->if_afdata[AF_INET6])->mld_ifinfo)
netinet6/ip6protosw.h: * should be consulted only with AF_INET6 family.
sys/socket.h:#define    AF_INET6        28              /* IPv6 */
sys/socket.h:#define    PF_INET6        AF_INET6

cd /usr/include
grep -r AF_INET6 *

что выдаст?

Поддержка IPv6 включается автоматически если найдены необходимые структуры. configure проверяет наличие AF_INET6 и struct sockaddr_in6 - проверьте config.log почему он их не нашел. Возможно на FreeBSD нужны дополнительные .h файлы.

cat /home/user/netxms/netxms-2.0-RC1/config.log | grep 'AF_INET6'

configure:19535: checking whether AF_INET6 is declared
conftest.c:92: error: 'AF_INET6' undeclared (first use in this function)
| #ifndef AF_INET6
|   (void) AF_INET6;
|   (void) AF_INET6;
ac_cv_have_decl_AF_INET6=no

Оно пока не горит, просто спрашиваю.