UPDATE object_properties SET is_system=0 WHERE object_id IN (10,11);

То должны появиться в дереве объектов после старта сервера.

name object_id
@System.Agent 10
@System.SNMP 11

со знаком @ вообще только эти два объекта

SELECT p.name,p.object_id FROM templates t INNER JOIN object_properties p ON p.object_id=t.id WHERE p.is_system <> 0;

Если будут такие, то выставить им is_system в 0 (при остановленом сервере) и зайти системным пользователем - они будут видны и можно будет как обычно удалить.