проблема не с временем, а с сбором параметров. Если сделать Configuration Poll, он проходит успешно? "nxget" запущеный с сервера получает данные?
FileSystem.FreePerc возвращает место без учета reserved (на ext2/3/4 это по умолчанию 5%, можно проверить при помощи tune2fs: tune2fs -l /dev/xvda1 |grep 'Reserved block count'). FileSystem.AvailPerc работает с учетом reserved.
Но это не объясняет, почему не сработал трешхолд. Покажите скриншот конфигурации этого параметра.
