Да, можно так сделать, будут обнаружены заново. Ну или только один удалить, дубликаты больше не будут появляться.
В зависимости от того, что надо обнаруживать, можно поставить фильтр на добавление только узлов с поддержкой SNMP - тогда такие узлы появляться не будут поскольку не пройдут фильтр до тех пор пока сервер не сможет получить данные по SNMP с устройства.
